بازی Crisis Core: Final Fantasy VII Reunion، هفت سال پیش از وقایع بازی Final Fantasy 7 رخ می‌دهد و ماجراهای زک فر، سرباز جوان حکومت شینرا را دنبال می‌کند. زک مأموریت دارد تا یک مأمور ویژه گمشده به نام جنسیس رپسودوس را پیدا کند. او در خلال مأموریتش متوجه می‌شود که شینرا، رازهای تاریکی را پنهان کرده است و در حال ساخت هیولاهایی مرگ‌بار است.

شخصیت‌های شناخته شده بازی Final Fantasy 7 از جمله کلود، سفیروث، اریث و غیره در بازی Crisis Core: Final Fantasy VII Reunion حضور خواهند داشت.